據主管之衛生福利部表示，事故的2011起迄今年7月已14年，針對26萬點以上的日本產食品進行放射線物質檢查，結果均合於標準。因此該部認為日本此5縣所產食品作出其含放射線物質風險可以忽略不計之結論，但除台灣外，輸往香港、澳門、中國、南韓、俄羅斯的食品其限制仍然存在。台灣今後在進口上述5縣水產品與食品時，只進行抽樣檢查。

台灣去年9月原則上解除日本食品的進口禁令，但仍然要求附加原產地證明書與5縣的放射性物質檢查報告之義務。日本則一直呼籲台灣早日取消所有進口限制措施。對此，一位向台灣出口冷凍扇貝肉的加工商表示「台灣對日本冷凍扇貝肉之需求由來已久，取消原產地證明書只是省去一個麻煩，但台灣市場應該還是與以前一樣，不可能發生重大改變」。

2024年日本輸往台灣之農林水產品、食品之總金額為1,703億日圓，是日本除美國、香港外之第三大出口國，其中水產品佔20.6％，351億日圓，品目別則以扇貝（生鮮等）最多，達121億日圓。以冷凍扇貝（去殼）而言，台灣是除美國以外的第二大進口國。日本也向台灣出口魚子醬及其加工產品、乾海帶和鰹鮪罐頭等。